Moi, je connais le phénomène surtout en sens inverse, sur une période beaucoup plus récente, entre 1850 et maintenant, visible notamment par l'étude des registres matricules.
Et le phénomène majeur expliquant ces variations de taille, ça ne fait pas un pli, c'est l'alimentation, non seulement en quantité mais aussi en qualité. Le nombre de mecs exemptés au XIXe pour "faible complexion" ou "rachitisme" est affolant. Et puis progressivement, ça évolue et il y en a de moins en moins vers la fin du siècle, y compris dans les secteurs favorisés (je pense surtout à un coin que je connais bien : la Sologne). Et la taille des hommes évolue graduellement. Il est clair que manger essentiellement de la soupe épaisse et du pain noir, ça n'aide pas, contrairement à la légende, à grandir, ni à résister aux infections.
Il y a donc de grandes chances pour que du chasseur-cueilleur au sédentaire, ce soit le même phénomène en sens inverse. Ce qui peut sembler paradoxal, vu que la sédentarisation suit de près la découverte de l'agriculture qui, normalement, devait mieux assurer les subsistances de chacun. Sauf que le mode alimentaire du chasseur-cueilleur, viande de chasse grillée et fruits et/ou baies, était bien meilleur que celui du sédentaire, bien trop riche en céréales plus ou moins panifiées, en viandes grasses d'animaux d'élevage et en sucres divers. De plus, dans une société sédentaire, à la population plus nombreuse, les riches mangent à leur faim, les pauvres, plus nombreux, n'ont que les restes... quand ils en ont.
En résumé, les tribus de chasseurs/cueilleurs, dont la population n'excédait guère quelques dizaines de personnes, étaient bien plus égalitaires, sur le plan des subsistances, que les populations sédentarisées.
De plus, comme vous le soulignez, la sédentarisation a vu l'émergence d'affections nouvelles, comme les caries, dues aux sucres, et les maladies infectieuses, transmises par la proximité des animaux domestiqués. Ces affections n'ont pas d'incidence sur la taille, mais compte-tenu d'une promiscuité plus grande, elles se transforment, pour certaines, en épidémies, et entraînent des fragilités.
Par ailleurs, si la vie de chasseur-cueilleur n'était sans doute pas de tout repos, l'activité de chasse, de pêche, de tannage des peaux ou de sculpture de la pierre et du bois étaient des activités physiques très différentes de celles de paysan ou éleveur, physiquement exténuante, qui casse les corps prématurément, à plus forte raison quand ils ne sont pas assez nourris et mal.
Conclusion : la détérioration de la santé des premiers sédentaires n'a rien de surprenant, de même que la diminution de la taille moyenne. La conjugaison alimentation - hygiène - santé est essentielle.
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