Quelle était l'indépendance et comment se manifestait dans les ligues ou fédérations de types fédérales l'identité propre de chaque cité? Peut on ainsi considérer que les populations de chaque cité estimaient que leur identité propre se distinguait fort de celle des leurs voisines? Et enfin y avait il une autonomie quant aux politiques linguistiques et religieuses?

Cela dépend des ligues ! Par exemple pour la Confédération Achéenne de l'époque hellènistique, les cités avaient leur propre monnaie, leur propre constitution, etc... en plus d'une monnaie "commune", d'une armée composée des membres de chaque cité, ...
Il y avait une autonomie mais tout était relatif, pour cette même confédération, les cités ne devaient pas faire défection aux règles de l'Etat à la tête de la confédération, ni signer des traités avec des rois sans l'avis de l'Etat qui "commande", par exple.

Sinon il y aussi la ligue de Corinthe, la Confédération Béotienne, la ligue hellènique... Bref, il y en a plein. Mais en principe, ce genre d'alliance entre Etats et cités ont un but politique, économique, de conquête. Cela dépend de l'époque et des ambitions des Etats !

Théoriquement, chaque cité est indépendante et dans une alliance avec la cité la plus puissante de la région (dont les plus puissantes étaient dans l'ordre chronologique Athènes (480-415), Argos (419-414), Sparte (415-371), Thèbes (371-362)...), et n'a aucune obligation envers ses alliés, excepté s'il est menacé, dans quel cas il faut envoyer son armée et tout faire pour la défendre. En réalité, les villes les plus puissantes transformait leur alliance en hégémonie, dirigeant les autres villes d'une main de fer, prélevant de lourdes taxes, et réprimant toute tentative de sécession d'avec le "pouvoir central", surtout en temps de guerre. Le seul cas particulier fut Eleusis, ville-banque de la Grèce, à l'instar de la Suisse. La Guerre du Péloponnèse représente à peu près la Seconde Guerre Mondiale, quant à l'état de paix des 2 "(Cité-)Etats".

Chaque cité avait son emblème propre et possédait un système politique, économique et militaire différent, mais je crois que les citoyens de ces villes, hormis en cas de crise grave ou de guerre, se considéraient comme habitants de "l'Hellade", opposés aux "incultes" de la Grande Grèce. Bien sûr, les Athéniens font exception: leur système politique unique leur permet de se distinguer des autres Grecs, encore réduits à la monarchie, à l'oligarchie ou à la tyrannie, régimes de loins inférieurs à la démocratie athénienne.

Non! Et cela tout simplement car toutes les villes de l'Hellade parlent la même langue et pratiquent la même religion! Bien sûr, selon les régions, les habitants parlent un dialecte différent, que ce soit l'Ionien (en Ionie, en Attique, en Thrace et dans la Chalcidique (Thessalonique actuelle)), l'Eolien (à Pergame, en Béotie et en Thessalie), le Dorien (à Halicarnasse, en Crète, en Laconie (terres entourant Sparte), à Corinthe, à Oympie, en Epire, et en Grande Grèce (Sud de l'Italie et Sicile)), ou finalement le faiblement répandu Arcado-cypriote (en Arcadie (au centre du Péloponnèse, comprenant Mantinée) et à Chypre).
Pour la religion aussi il y avait une certaine "marge" de différence. On vénérait tous les mêmes dieux, mais leur importance au sein de la communauté pouvait varier.
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"Candida pro causa ense candido" Carl Gustav Emil Mannerheim, héros national finlandais (1867-1951)