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Comment expliquer que les hommes aient décidé d'adopter des techniques qui satisfaisaient moins efficacement leurs besoins nutritionnels?
La révolution néolithique et le passage à l'agriculture permettent, au contraire, de mieux satisfaire les besoins nutritionnels en parquant des animaux dans des enclos et en calculant les rythmes de récoltes (au contraire de la chasse et de la cueillette qui sont aléatoires). Mais si l'alimentation est meilleure d'un point de vue quantitatif pour la majorité, elle ne l'est pas forcément d'un point de vue qualitatif : je ne me souviens plus exactement des détails, mais l'apport en masse des céréales dans l'alimentation voit l'apparition de certains maux tels que le cholestérol, les problèmse cardio-vasculaires, l'hypertension... Et le voisinage avec les animaux domestiques apportent la propagation de certains fléaux épidémiques, renforcés par la concentration humaine (alors que lors du Paléolithique, les tribus étant nomades, les épidémies ne se propageaient pas ou presque pas).
Pour ce qui est de la différence Néolithique - Moyen Âge, il faut comparer ce qui est comparable. Tout d'abord, l'agriculture est apparue bien plus tardivement en Europe qu'au Moyen Orient. Je ne ne sais pas quand exactement elle apparaît en France, mais c'est plusieurs milliers d'années après le Croissant Fertiles.
Ensuite, durant le Haut Moyen Âge, il y a plusieurs périodes de marasme général, terrain propice aux épidémies (la peste et la variole sous les Mérovingiens). C'est par ailleurs une période d'instabilité politique et "d'invasions" diverses. On n'a que peu d'informations sur la grande majorité des paysans à cette époque, mais il est certain que des épisodes tels que les guerres entre roitelets divers ou autorités comtales, invasions normandes ou sarrazines, etc. ne devaient pas les laisser indemnes. D'autre part, ils étaient à la merci du moindre incident climatique, d'autant plus que la révolution agricole introduite par l'invention de la charrue (en remplacement de l'araire) n'avait pas encore eu lieu.
La seule période du Moyen Âge à peu près propice s'avère celle du Moyen Âge dit "flamboyant" vers les XIIe / XIIIe siècles, où l'autorité politique est à peu près stable, le climat un peu plus clément, les sillons plus profondément tracés par la charrue, les épidémies plus diffuses (la variole et le paludisme ont toujours été omniprésents et ont fait bien plus de victimes que la peste ou autre horreur de ce genre, mais n'ont jamais connu de pandémies aussi terrifiantes), la faim moins présente.
Il y a ensuite à nouveau régression au XIVe siècle, en raison de catastrophes climatiques et de l'épidémie de peste de 1348, et, de façon générale, l'alimentation du plus grand nombre est quantitativement et qualitativement insuffisante jusqu'à une période récente. Ce n'est que depuis la fin du XIXe siècle que les gens ont substantiellement de quoi se nourrir dans leurs assiettes, même si la dernière famine digne de ce nom remonte à la grande crise frumentaire de 1693/1694.