Historiquement, c'est l'inverse qui s'est passé en France: c'est quand les protestants ont été désarmés et qu'ils ont été pieds et poings liés face au pouvoir royal qu'ils ont été le plus attaqués (années 1660-1685). C'est après la disparition de leurs "bastions" comme vous dites, lors de la pacification de 1629, qu'ils ont été menacés.

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«L'humanité est comme un paysan ivre à cheval: quand on la relève d'un côté, elle tombe de l'autre.»
(Martin Luther)

Oui, exact, j'aurais du formuler différemment car il y a eu effectivement reconnaissance de la présence protestante avec des limites géographiques notamment, comme pour un compromis de guerre, puis attaque royale par Richelieu, affaiblissement, et enfin la résiliation en plusieurs étapes de l'édit de Nantes.
Ce dernier texte apparait dès lors comme une parenthèse diplomatique due à la personne d'Henri IV et à son souci de stabiliser sa délicate position et non à une tolérance au sens actuel comme il a été dit.
Henri IV mort, il était probablement inévitable dans le contexte tendu de l'époque, que la guerre des religions reprenne car tel était l'esprit du temps, tout sauf tolérant. L'ancien rapport de forces pouvait se remettre en place.

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Heureux celui qui a pu pénétrer les causes secrètes des choses. Virgile.