Zut, je n'avais pas vu la question en gras, c'est quand même l'essentiel
Par rapport au Nouvelle Clio, eh bien les titres de chapitres ne sont déjà pas les mêmes...
En fait, pour simplifier, on pourrait dire que le Nouvelle Clio est mieux pour les questions économiques (chapitre de Cécile Morrisson sur la monnaie indispensable (sauf si l'on parvient à se procurer le TD de Sophie Métivier à Paris I, formidablement bien fait à partir justement des travaux de Cécile Morrisson ; chapitre de J.-C. Cheynet en personne sur les impôts), tandis que le manuel de Béatrice Caseau est plus axé sur les questions sociales (même si pour l'aristocratie, il a bien sûr le chapitre de J.-C. Cheynet dans la Nouvelle Clio, indispensable, à moins encore une fois de disposer du cours, plus simple). Par exemple, je crois que Constantinople est traitée de manière plus "sociale" dans le manuel de B. Caseau (les monuments, les pauvres...) alors que le chapitre de Michel Kaplan dans la Nouvelle Clio insiste davantage sur les questions des métiers d'après le Livre de l'Eparque.
Bref, à mon avis, si l'on a la possibilité de se les procurer, la base pour ce programme : les cours de J.-C. Cheynet + les cours de M. Kaplan + les TD de S. Métivier + les TD de B. Caseau (bien que ces deux TD se ressemblent parfois très fortement, peut-être ont-elles préparé ensemble).
Et ce n'est seulement ensuite qu'on peut prendre la Nouvelle Clio pour certains points précis à mettre au clair (impôts, régions "externes" comme l'Italie) et le manuel de B. Caseau pour d'autres exemples plus précis, des aspects davantage "vie quotidienne" et surtout l'incontournable lexique.
Ensuite, des passages très précis des thèses de M. Kaplan et J.-C. Cheynet pour compléter leurs cours respectifs (tout en gardant à l'esprit tout ce qui a pu faire objet de débat dans celle de M. Kaplan, avec J. Lefort notamment (faut-il un ou deux boeufs pour être un paysan indépendant ??? bien connaître les positions de chacun et les éléments sur lesquels chacun s'appuie pour affirmer son point de vue).
Avec ça, à mon humble avis... c'est Byzance !