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Message Publié : 15 Jan 2012 8:01 
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Yongle a écrit :
Dans la mesure où l'environnement lui-même n'est que relativement aléatoire et pas du tout sur la majeure partie des critères déterminants possiblement les mutations, si. ;)

Alors, si par un homme détermine, maîtrise ou connaît cet environnement, il peut déterminer dans quelle mesure cet environnement-là induit ou sélectionne des mutations (et encore, avec une certaine probabilité d'échecs).

A un degré plus large, l'homme ne détermine, ne maîtrise ou ne connaît pas la totalité des environnements, ni même des causalités (par exemple cognitives) qui l'induisent à déterminer un environnement.
Yongle a écrit :
des mutations épigénetiques peuvent elles se transmettre sans affecter les séquences de nucléotides ?

Comment une mutation peut-elle ne pas affecter les séquences de nucléotides, puisqu'elle est une modification génétique ?


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Message Publié : 15 Jan 2012 9:37 
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Jean-Pierre Vernant
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Citer :
Comment une mutation peut-elle ne pas affecter les séquences de nucléotides, puisqu'elle est une modification génétique ?


Il s'agit de mutations épigénétiques, pas génétiques. Mais à la question : comment se fait le lien entre des modifications épigénétiques et les changements que l'on observe dans le génome lui-même il n'y a pas eu de réponse. Pas plus qu'à la question du mécanisme qui fait surgir les modifications épigénétiques adaptées à l'environnement.


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Message Publié : 15 Jan 2012 10:49 
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Pierre de L'Estoile
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Cuchlainn a écrit :
Citer :
Comment une mutation peut-elle ne pas affecter les séquences de nucléotides, puisqu'elle est une modification génétique ?


Il s'agit de mutations épigénétiques, pas génétiques. Mais à la question : comment se fait le lien entre des modifications épigénétiques et les changements que l'on observe dans le génome lui-même il n'y a pas eu de réponse. Pas plus qu'à la question du mécanisme qui fait surgir les modifications épigénétiques adaptées à l'environnement.


en fait, il yen a, mais faut les trouver...
les alterations épigenetiques ne se transmettent en fait pas (car elles se transmettent) , par les alterations épigenetiques ne se transmettent en fait pas (car elles se transmettent) par modication des sequencese nucleotide'un gène ni par méthylation ni par changement de la structure de la chromatine mais en fait cette information passe par le gamete male par les molecules d ARN.

voyez cet article :

Grandjean, V., Rassoulzadegan, M. Épigénétique du spermatozoïde : un rôle inattendu de l’ARN Quarantième Journée thématique de la SFEF (Paris, 25 mars 2009)

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Message Publié : 15 Jan 2012 19:48 
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Blueshadow a écrit :
La théorie en laquelle je crois,c'est un angle droit par rapport à la théorie classique.
Mais elle ne résoud AUCUNE des questions : en particulier comment et pourquoi avoir gardé le vieux bagage génétique qui ne servait ALORS PLUS à rien et pourquoi avoir accumulé du bagage génétique qui ne servait ALORS ENCORE à rien .

La réponse me semble plutôt simple, c'est parce qu'il n'y a pas d'horloger.

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Yoda

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Message Publié : 15 Jan 2012 20:49 
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Jean-Pierre Vernant
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Il me semblait que la masse d'information génétique inutile servait d'amortisseur aux mutations potentiellement dangereuses. Si un gène sur N mute par période donnée, il est prudent que cette mutation aux effets mal prévus tombe dans le code inutile plutôt qu'elle dérange le code utile.
D'autre part, je ne vois pas trop pourquoi faire intervenir la notion d'horloger présent ou absent. S'il n'y a pas de nettoyage du code inutile, c'est soit qu'il ne l'est pas tant que ça (cf hypothèse précédente) soit qu'il n'y a aucun désavantage à le conserver. Par conséquent, un éventuel mécanisme de nettoyage apparu quelque part n'aurait aucune raison de se généraliser, puisqu'il ne favoriserait pas ses porteurs.


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Message Publié : 15 Jan 2012 21:45 
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Pierre de L'Estoile
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Si vous aviez étudié l'immunologie vous comprendriez mieux l'interêt d'avoir un stock d'ADN variable quipeut s'adpter rapidement pour fabriquer des anticorps contre un antigène encore inconnu. En effet tout n'est pas écris puisque lorsqu'une maladie apparait (un antigène pour faire plus court c'est une protéine de surface du virus), il apparait au sein de la population un anticorps qui va se coller à l'antigène et par un mécanisme complexe aboutir à l'inactivtion du virus avec plus ou moins d'éfficacité. Mais cette réaction de l'individu est immédiate et ne nessécite pas de mutation. Elle fait appel à un stock d'ADN hypervariable qui code pour les chaines terminales des immunoglobuline (=anticorps). Par contre ce mécanisme existe dans les cellules immunitaires mais pas dans les cellules germinales et il n'y a pas de trnsfert de la compétance immunitaire à la descendance.

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Message Publié : 16 Jan 2012 0:59 
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Plutarque
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J'ai toujours bien aimé les thèses visant à spéculer sur d'éventuelles «fonctions» des séquences d'ADN non-codantes. Certes une petite part de l'ADN non-codant est fonctionnel il s'agit par exemple de séquences de régulations, et certes sans doutes que d'autres séquences fonctionnelles restent à découvrir, cependant comme le biochimiste Laurence A. Moran je pense que la majorité de l'ADN non-codant est réellement inutile et cela notamment parce que bon nombre de ces séquences d'ADN non-codant accumulent de grande quantité de mutations sans que cela n'affectent les organismes.

Il reste la présente hypothèse selon laquelle tout cet ADN non-codant serait utile car accumulant les mutation «à la place» des séquences d'ADN fonctionnel, et donc épargnant celles-ci. Mais là encore je suis dubitatif et à ce titre le biologiste T. Ryan Gregory à proposer une manière intéressante de tester l'hypothèse d'une éventuelle utilité à la vaste part du génome que constituant l'ADN non-codant chez bon nombres d'organismes vivants. Il s'agit du «Test de l'Oignon» et peut se résumer de manière simple.

En effet soit différentes espèces d'onions appartenant au même genre à savoir le genre Allium.

Nous avons différentes tailles de génomes pour ces différentes espèces d'onions, par exemple pour Allum altyncolicum nous avons un génome de 7 pg (10exp-12 grammes) et pour Allium ursinum un génome de 31.5 pg. Par comparaison nous avons un génome de 3.5 pg pour Homo sapiens sapiens c'est-à-dire notre espèce!

Et donc le «Test de l'Ognon» est le suivant, à quoi pourrait bien servir cette quantité excessive d'ADN, essentiellement composé de séquences non-codantes, chez des espèces d'ognon comme Allium ursinum? Pourquoi un génome aussi important par apport à d'autres espèces d'ognon pourtant étroitement apparenté ou alors par apport à nous-mêmes?

Après tout les espèces d'ognons au génome bien plus petits ne semblent guère moins adaptés que Allium ursinum et on voit mal en quoi par exemple, cette dernière espèce aurait besoin d'un génome plus gros pour par exemple se protéger des mutations délétères.

Bref tout cela pour dire qu'il apparait assez clairement que la majorité des séquences d'ADN non-codantes représentent en réalité de «l'ADN poubelle» («Junk DNA» en anglais) et donc n'a aucune utilité adaptative pour les organismes concernés. C'est même d'ailleurs également sur la présence de cet «ADN poubelle» que se fonde en partie la Théorie neutraliste de l'évolution du généticien japonais Motoo Kimura.

Référence: A. Ricroch, R. Yockteng, S.C. Brown, and S. Nadot (2005), Evolution of genome size across some cultivated Allium species, Genome


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Message Publié : 16 Jan 2012 10:25 
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Cuchlainn a écrit :
D'autre part, je ne vois pas trop pourquoi faire intervenir la notion d'horloger présent ou absent. S'il n'y a pas de nettoyage du code inutile, c'est soit qu'il ne l'est pas tant que ça (cf hypothèse précédente) soit qu'il n'y a aucun désavantage à le conserver.

C'est dans la dernière proposition qu'intervient l'absence d'horloger. En effet, la question du "pourquoi" montre une vision du monde dans laquelle tout serait utile et parfaitement ordonné. Cette vision n'étant d'ailleurs pas le propre des créationnistes... Or, c'est une vision fausse : dans un monde sans "horloger", les mutations au hasard et la sélection naturelle ne vont pas donner un résultat parfait. De l'inutile sera conservé parce que non défavorable, et certains caractères auraient pu être meilleurs s'il y avait eu la bonne mutation.

Tiel a écrit :
Il s'agit du «Test de l'Oignon» et peut se résumer de manière simple.

En effet soit différentes espèces d'onions appartenant au même genre à savoir le genre Allium.
(...)
Et donc le «Test de l'Ognon»

Je détecte là-dedans plusieurs mutations dans l'orthographe du mot "oignon", l'une consistant en une simple délétion, mais la première ayant en plus une inversion... On pourrait supposer que les deux son indépendantes, mais une mutation reverse n'est pas à exclure. :mrgreen: ;)

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Message Publié : 16 Jan 2012 10:51 
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Pierre de L'Estoile
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Tiel a écrit :
je pense que la majorité de l'ADN non-codant est réellement inutile et cela notamment parce que bon nombre de ces séquences d'ADN non-codant accumulent de grande quantité de mutations sans que cela n'affectent les organismes.


inutile ? Pas sur...
l'ADN non-codant sert aussi et surtout de formidable potentiel épigénétique qui peut s'exprimer dans d'autres conditions environnementales, non ?

Bien à vous

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Message Publié : 16 Jan 2012 12:02 
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Jean-Pierre Vernant
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Citer :
C'est dans la dernière proposition qu'intervient l'absence d'horloger. En effet, la question du "pourquoi" montre une vision du monde dans laquelle tout serait utile et parfaitement ordonné. Cette vision n'étant d'ailleurs pas le propre des créationnistes... Or, c'est une vision fausse : dans un monde sans "horloger", les mutations au hasard et la sélection naturelle ne vont pas donner un résultat parfait. De l'inutile sera conservé parce que non défavorable, et certains caractères auraient pu être meilleurs s'il y avait eu la bonne mutation.


Ben, je le répète, il n'y a pas besoin de la notion d'horloger pour cela, et vous le dites vous-même d'ailleurs. Il suffit d'avoir une vision un peu restrictive de l'évolution (ou trop influencée par l'économie) et de penser que l'inutile implique obligatoirement un surcoût qui se traduit par un moins bon potentiel de survie - et donc une éradication régulière du superflu.
Quant à un créationniste chrétien - pour prendre ce modèle-ci - qui défendrait cette thèse, il connaîtrait bien mal sa Bible, Dieu n'étant nullement censé rechigner à l'inutile et au gratuit, lui qui fait pleuvoir sur une terre sans hommes, sur le désert que nul n'habite. (fin de la parenthèse).

Yongle :

A-t-on pu démontrer que l'ADN non-codant pouvait grâce à des mutations se retrouver codant ?


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Message Publié : 16 Jan 2012 13:14 
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Plutarque
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Yoda a écrit :
Je détecte là-dedans plusieurs mutations dans l'orthographe du mot "oignon", l'une consistant en une simple délétion, mais la première ayant en plus une inversion... On pourrait supposer que les deux son indépendantes, mais une mutation reverse n'est pas à exclure. :mrgreen: ;)

Oui bon pour ma défense ces mutations sont neutre sur le plan sélectif de la compréhension du message. :mrgreen:

Yongle a écrit :
inutile ? Pas sur...
l'ADN non-codant sert aussi et surtout de formidable potentiel épigénétique qui peut s'exprimer dans d'autres conditions environnementales, non ?

Pour certaines séquences peut-être mais pur l'écrasante majorité de l'ADN non codant non. Pour preuve ces séquences accumulent quantités de mutations sans que cela n'affectent les organismes, doôù justement la neutralité de l'écrasante majorité des mutations.

Il semble clairement que la majorité du génome des Eucaryotes que nous sommes ne soient en réalité que de «l'ADN poubelle» ou «Junk DNA» comme on dit en anglais.


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Message Publié : 16 Jan 2012 18:09 
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Ne serait-ce pas dans la genèse évolutive des organismes eucaryotes Selon la théorie endosymbiotique sériée énoncée par Margulis et Taylor (1979) on a aggrégation successive de cellules procaryotes (archaé pour l'envelloppe, eubactérie pour les mytochondries et les plastes, spirilles pour les microfibrilles et flagelles) cela entraine beaucoup de gènes en de nombreux exemplaires au départ. Si on observe des organismes unicellulaire comme les ciliés (vorticelles, épistilis, paramécie), on touve un micronoyau qui porte les gènes protégé au centre de la cellule et un macronoyau "qui sert à rien" de forme annulaire plus exterieur et moins protégé donc plus soumis au mutation.
sinon un livre de référence que j'ai lu comme un roman il y a quelques années : Image

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Message Publié : 16 Jan 2012 20:46 
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Image
je citai "l'univers bactriel de Lynn Margulis et Dorion Sagan.
j'ai du mal a insérer des images

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Message Publié : 13 Mai 2015 8:13 
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Il postulait l'hérédité des caractères acquis, c'est la pangenèse.

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Message Publié : 13 Mai 2015 19:48 
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Localisation : St Valery/Somme
furtif a écrit :
Il postulait l'hérédité des caractères acquis,

Pas du tout !
Il s'agit d'un travail scientifique tout à fait en phase avec Darwin, sauf que grace à l'échange plasmidique, les bactéries sont capable de s'échanger de l'ADN de la main à la main en toute convivialité sans passer par une reproduction sexuée longue et couteuse comme chez nous.
Vous avez un nouvel antiobiotique qui sort ? pas de problème, la bactérie qui va être sélectionnée va échanger son plasmide de résistance avec ses copines et la résistance aux antibiotique va s'organiser sur la terre entière.

Quand j'étais jeune j'ai étudié l'apparition et la diffusion du plasmide Tol (dégradation du Toluène chez pseudomonas et bien entre le début de mon étude et la fin l'occurence de la présence de copie de ce plasmide à été multiplié par 100

furtif a écrit :
c'est la pangenèse.

Oui sur ce plan c'est plus criticable en effet ils envisagent le passage de bactérie d'une planète à l'autre. Il faut attendre une trouvaille marsienne... :wink:

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