Alors, il y a du vrai, de l'imprécis et du faux dans ce texte.
Tout d'abord, il est parfaitement vrai que le Coran ne mentionne pas explicitement Jérusalem, mais parle de "masjid al-Aqsa" ce qui signifie, je crois le "lieu saint (masjid est le terme pour mosquée, mais mosquée a un sens vaste) le plus lointain" (si des arabisants peuvent confirmer...). L'association entre ce verset et Jérusalem s'est faite bien après la mort du Prophète (VIIIe - IXe), au moins dans les écrits. Evidemment, on ne sait pas grand chose des traditions orales. L'idée que Jérusalem ne soit pas le lieu désigné par le terme al-Aqsa ressort de temps en temps, sous-tendant souvent des idées très politiques, comme dans les écrits du journaliste égyptien Ahmed Mohammed Arafa, mais rien de très probant n'est donné à la place (on cite souvent le fait qu'un umayyade aurait détourné le pèlerinage lors d'une rébellion bloquant l'accès à La Mekke, mais il a été démontré que cette information provient de sources abbasides hostiles au umayyades et s'oppose à la réalité historique. J'ai développé la chose sur WP :
http://fr.wikipedia.org/wiki/D%C3%B4me_ ... .A9rection)
Il est parfaitement faux qu'il ait eu une église sur le mont du Temple ; je le sais bien car il y a un personnage sur wikipédia qui a essayé d'imposer cette idée et j'ai fait pas mal de recherches sur la question, notamment dans les recueils de sources. L'idée existait au XIXe siècle (sans doute pas sans connotations...), mais les sources écrites ne mentionnent aucune église à cet endroit. Les chercheurs, Oleg Grabar notamment, pensent généralement que les Chrétiens avaient laissé l'esplanade en ruines pour marquer leur domination sur les Juifs, et inversement, les musulmans auraient construit sur l'esplanade comme symbole du nouveau pouvoir.
La qibla a été un certain temps dirigée vers Jérusalem, ce qui marque, quoiqu'en dise votre citation, l'importance de cette cité dans l'optique musulmane. Il n'est en effet nullement anodin que la première qibla ait été Jérusalem ; d'ailleurs, l'islam se situe dès son origine dans la lignée des autres religions du Livre, et le choix de Jérusalem a évidemment une symbolique liée à la tradition judaïque et chrétienne.
En effet, des discordances entre Muhammad et les communautés juives ont pu être une raison du changement d'orientation vers la Mekke, qui était un sanctuaire ancien, tant pour les paiens que pour les chrétiens, puisqu'il existe mention dans les hadith d'une Vierge à l'enfant suspendue avec d'autres images religieuses autour du sanctuaire, que Muhammad a épargnée lors de l'épisode du bris des idoles.
La première mosquée al-Aqsa est mal connue, il s'agissait d'un monument de bois, mentionnée par un pèlerin chrétien, Arculf, à la fin du VIIe s (entre 679 et 688). On ne sait pas le moment de son érection, mais il existait bien une mosquée avant le règne d'al-Walid et la première construction en dur.
Voilà ce qu'on peut en dire en gros, il me semble. Avez-vous des questions plus particulières ?